ゴーヤーには、多くの種類があります。
私達が普段良く目にする緑色のゴーヤーは、大きく二つに分けられます。
一つはズングリ型のもの。これは沖縄で生育したゴーヤーに多く見られます。
もう一方はスラリ型のもの。これは九州で生育された物に多く、表面の突起（イボイボ）も細長い形をしています。

これら二つには苦味にも差があるといわれ、沖縄産のズングリ型はマイルドな苦味、九州産のスラリ型は強い苦味、と特徴づけられることもあります。もともと日本ゴーヤーは、九州産のスラリ型が元種だ、と言われています。強い苦味をやわらかく、と品種改良を重ねた結果、ズングリ型の沖縄ゴーヤーが生まれたのです。ただ、ゴーヤーの苦味はその一つ一つによりいわば個体差が大きく、よってこの「沖縄・九州苦味論」はあくまで目安と言えそうです。

また近年では、品質が良好で、収穫率が高く、病害虫にも強い新種「群星（むるぶし）」が平成3年に、その後平成7年には、「群星」と寒さに強い在来種を交配させて、通年栽培を可能にした品種「汐風（しおかぜ）」がつくり出されました。ハウス栽培などで利用され、夏だけでなく冬にも緑の果実を実らせることが可能になったのもこの種の特性です。ここ数年で本州方面への出荷量も格段に増え、今や全国区の野菜になりつつあります。

世界へと視野を広めると、緑色ばかりでなく白色のゴーヤーもあります。東南アジアで栽培されている白いゴーヤーは苦味が少なく、食用としてこれもまた重用されています。

日本のゴーヤーはズングリ型でおよそ２０cm弱、スラリ型で２５〜３５cmの長さです。他に長形のものでは５０cmにも育ち、逆にインドで栽培されているような短形のものは７〜１０cmと、大きさからも様々な種類があることが分かります。